Situado sobre una loma a orillas del río Guadalquivir, con una extensión de 73,5 km2 y una altitud de 458 m.

La villa de Santo Tomé está situada a las faldas de la Sierra de Cazorla en el Valle del Alto Guadalquivir. Su término municipal forma una banda estrecha que se extiende de este a oeste, entre las desembocaduras de dos afluentes del Guadalquivir: el río de la Vega hacia el oeste, y el río Borosa al este. Forma parte del mayor Parque Natural de la Península, nos referimos a las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas.

Su término ocupa una importante zona serrana, y discurren por sus tierras importantes ríos, como el Borosa o el Guadalquivir.

En Santo Tomé se conjuga una armonía entre el paisaje de la Campiña Alta y la Sierra de Cazorla, hasta cuyo corazón se extiende. Toda una invitación para disfrutar de los bellos espectáculos visuales que abarcan desde las suaves vegas del Guadalquivir y sus feraces tierras de cultivo en valle abierto, hasta el paisaje serrano de abruptos cortados, pasando por los Arroyos de Plaza, la Cascada de la Palomera, el Caballo de la Zarza, el propio Centro de Interpretación Fluvial del Río Borosa, ya en el mismo límite de las sierras de Cazorla y Segura, o el pago de las Ericas, en el eje turístico del Parque Natural.

Fue precisamente en estas fértiles vegas del Guadalquivir donde se asentaron, posiblemente, los primeros pobladores de la Comarca de la Sierra de Cazorla. Así, cercano al curso del río de la Vega a su paso por esta localidad se ha descubierto un importante núcleo de población que según los hallazgos encontrados pueden ser datados hacia final del Neolítico y que se desarrolló durante todo el periodo calcolítico al menos hasta la Edad del Bronce, momento en que se abandonó dicho poblado.

A partir de la segunda mitad del siglo IV a. C. se datan los hallazgos arqueológicos ibéricos del Cerro de la Albahaca al sur de Santo Tomé o el Cerro de Turruñuelos al oeste del río Guadalquivir y al suroeste de la localidad.

Durante la romanización de la Bética, los romanos se asentaron en esta región, conocida como “Saltus Tugiensis”, y que ellos nombraron como “Mons Argentarius”, por la riquezas de plata y sal que encontraron aquí.

Abundante cantidad de villae de carácter agrícola se van a desarrollar en esta época junto a las fértiles tierras de la campiña. Aunque quizá la más conocida sea la de Bruñel (Quesada), donde destacan unos vistosos mosaicos con figuras humanas y naturalistas, también aquí, en las terrazas fluviales en torno al río Cerezuelo, tiene presencia la cultura romana, como lo prueban los asentamientos del Cerro de Turruñuelos, las Graveras o el Puente Leburne.

Poco se sabe de Santo Tomé en la Edad Media, si bien es cierto que en la ocupación árabe de estas tierras, se establecen en la zona, pequeñas alquerías agrícolas (Qurá), cuyos habitantes explotaban las fértiles vegas del río Guadalquivir. Es posible que la necesidad de dotarse de fortificaciones por parte de los musulmanes en el siglo XII y principios del siglo XIII, ante el avance de los ejércitos cristianos hacia el sur, originara la construcción del castillo de Santo Tomé, conocido entonces con el nombre de “Hins-al-Zir” .

Tras la conquista cristiana esta primitiva fortaleza fue consolidada y reforzada. En estas fechas la zona fue repoblada por don Pedro Díaz de Toledo, por mandato del arzobispo de Toledo don Gonzalo Díaz Palomeque. Cuando Díaz de Toledo llegó a este lugar, sólo existía un cortijo con una vieja torre defensiva. Esto ocurría el 13 de agosto de 1348. Tras su repoblación Santo Tomé quedó integrado en el amplio alfoz de Cazorla, junto a los lugares y aldeas de Lezar, Vilchite, Miele, Alcoray, La Iruela, Nubla y Burunchel.

Ya en 1543, Díaz Sánchez de Quesada, Señor de Garcíez y de la Torre de Santo Tomé, contrajo matrimonio con Doña Leonor de Acuña, Señora del Castillo y Heredamiento de Chozas, en el término de Baeza. Estas nupcias supusieron para Santo Tomé un hecho de relevancia institucional en el siglo XVI, al que le siguió, ya en el reinado de Felipe IV, la concesión, por cédula real, del vizcondado de Santo Tomé a don Hernando de Quesada Mendoza y Toledo.

Como construcción antigua de época medieval sólo se conservan los restos del viejo castillo que mandara construir uno de los mayores benefactores de esta villa, D. Pedro Díaz de Toledo. De este castillo sólo se conserva la torre del homenaje, de base rectangular, casi cuadrada, de unos 9 m. de altura, estructurada en bajo y dos plantas. Esta torre logró salvarse de la destrucción del Castillo al incorporarse como campanario en el lado izquierdo de la iglesia.
La Torre, que conserva sus rasgos góticos es de mampostería a hiladas regulares en su parte baja, de sillarejo en la zona alta y va cubierta con tejado; sus esquinas son de sillares. Al cambiársele la originaria función militar por la religiosa se le añadió una espadaña de cantería con dos huecos para campanas, cornisa y frontón triangular que acoge otra campana.

Asimismo, destaca la llamada Casa Grande, obra civil de bella construcción y con escudo real sobre la puerta.
Fiestas: Los días 23 al 27 de septiembre, en honor de Santo. Tomás y Ntra. Sra. de los Remedios, con suelta de vaquillas en una plaza de toros portátil; 15 de mayo San Isidro; 7 al 9 de agosto, fiesta del emigrante.